Celem działalności Towarzystwa jest ochrona nietoperzy, ich schronień i siedlisk, a w szczególności:
dokumentacja stanu i zagrożeń krajowej fauny nietoperzy
wypracowanie metod praktycznej ochrony nietoperzy i ich schronień,
planowanie i realizacja konkretnych działań ochronnych, popularyzacja w społeczeństwie wiedzy na temat nietoperzy, ich znaczenia oraz zagrożeń dla ich egzystencji,
przełamywanie uprzedzeń i kształtowanie pozytywnego stosunku do nietoperzy w społeczeństwie.
Formami działania Towarzystwa są w szczególności:
propagowanie wszelkimi metodami wiedzy na temat nietoperzy i ich zagrożeń oraz ich ochrony,
wydawanie czasopism, biuletynów oraz innych materiałów naukowych, edukacyjnych i propagandowych dotyczących nietoperzy i ich ochrony,
inicjowanie, organizowanie i prowadzenie badań naukowych, w szczególności mających znaczenie dla ochrony nietoperzy,
opiniowanie planów zagospodarowania przestrzennego i wszelkich działań mogących stanowić zagrożenie dla nietoperzy i ich schronie
finansowanie i wspieranie działań na rzecz ochrony nietoperzy i zabezpieczania ich schronień,
występowanie do sądów z roszczeniami z zakresu ochrony przyrody, a w szczególności nietoperzy,
wstępowanie do postępowania przed sądami oraz przedstawianie sądowi swojego poglądu w toczących się sprawach dotyczących ochrony przyrody,
formułowanie zaleceń i udział w przygotowywaniu przepisów prawnych dotyczących ochrony nietoperzy i ich schronień,
wykupywanie lub wydzierżawianie obiektów i gruntów,
współpraca z organami samorządowymi i instytucjami państwowymi,
współpraca z krajowymi i zagranicznymi organizacjami o zbieżnych celach,
zatrudnianie osób fizycznych,
prowadzenie działalności gospodarczej według zasad określonych w odrębnych przepisach,
podejmowanie innych działań, o ile uznane zostaną za sprzyjające powyższym celom.
