Aktualnie realizowane przez OTON projekty:
Czynna ochrona mopka zachodniego na wybranych obszarach leśnych w Polsce (Mechanizm Finansowy EOG 2014-2021)
Tworzenie siedlisk zastępczych dla mopka zachodniego Barbastella barbastellus na terenie Obszaru Natura 2000 Bory Niemodlińskie (Województwo Opolskie)
Ochrona kolonii rozrodczej nocka orzęsionego w Łazach (Bat Grants)